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科学家呼吁全面开放共享新冠病毒基因组数据

作者: 2021-02-07 11:22 来源:中国科学报
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  数百名科学家敦促公开共享新冠病毒基因组数据,以帮助分析变异病毒是如何在世界各地传播的。

  2020年1月以来,研究人员在网上发布了大量的新冠病毒基因组序列。最受欢迎的数据共享平台GISAID拥有超过45万个病毒基因组,世界卫生组织首席科学家Soumya Swaminathan称GISAID是大流行的“游戏规则改变者”。但欧洲生物信息学研究所(EBI)所长Rolf Apweiler认为,GISAID不允许公开分享序列,阻碍了科学家进一步了解新冠病毒和迅速增加的新变种。

  在1月29日发表的一封信中,Apweiler和其他人呼吁研究人员将他们的基因组数据发布在一个不限制数据再分配的三元数据库中:美国的GenBank、EBI的欧洲核苷酸档案库和日本的DNA数据库,三者统称为国际核苷酸序列数据库协作组织(INSDC)。

  任何人都能匿名访问INSDC的数据并随意使用,相比之下,GISAID要求用户确认身份,在未经数据提供商许可的情况下,不重新发布网站的基因组。这意味着,以GISAID数据为基础的研究不能发布完整数据,如创建进化树、分析新冠病毒变种之间关系的研究。

  这封信说,科学界应该“消除限制有效数据共享的障碍”,但是没有具体提到GISAID。500多名科学家签署该倡议,其中包括2020年诺贝尔化学奖得主Emmanuelle Charpentier和英国新冠肺炎基因组学联盟负责人Sharon Peacock。

  不过,许多与GISAID合作的研究人员认为,GISAID的访问条款有一个好处:鼓励犹豫不决的研究人员在网上快速分享数据,而不用担心其他人在没有信用的情况下使用这些结果。

  新加坡科学技术研究局生物信息学家Sebastian Mauer-Stroh表示:“这么多实验室向GISAID提供新冠病毒基因组的原因,正是限制公开再分享的数据获取协议。”他说,GISAID已经与许多实验室合作,帮助它们共享数据。

  法国国家卫生和医学研究所疫苗研究员Marie-Paule Kieny认为,“这个问题不仅与科学有关,还与主权和公平有关。”她表示,GISAID对新冠病毒序列数据的快速流动具有最大影响,因为储存序列的科学家相信,他们的权利将得到数据用户的尊重。

  孟加拉国儿童健康研究基金会微生物学家Senjuti Saha表示,她赞赏呼吁开放数据,但也担心这可能会进一步阻止低收入和中等收入国家的研究人员上传数据。

  欧洲核苷酸档案库负责人Guy Cochrane说,EBI意识到有关数据和利益分享的全球问题,并积极参与寻找利益分享机制,以增强相关国家的科研能力并保持数据开放。但他说,即使是资源充足的欧洲国家,也可以在公开分享数据方面做得更多。

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